Quando Santiago chiede dell'alchimista, le persone si chiudono e dicono di non aver mai sentito parlare di qualcuno del genere. Alla fine, decidono di chiedere a un saggio che cura le malattie, perché probabilmente nessuno sa cosa sia un alchimista. La ricerca si rivela più difficile del previsto, e molti accusano Santiago di essere alla ricerca di stregoni.
Durante la ricerca, Santiago vede una giovane donna e si innamora subito di lei. Scopre che il suo nome è Fatima e poi le chiede dell'alchimista. Lei gli dice che vive nel sud e poi se ne va. L'inglese parte per trovare l'alchimista. Quando lo trova, spiega che è lì per imparare.
Santiago inizia a frequentare il pozzo, aspettando Fatima, e parlano tutti i giorni. Fatima dice che ha sempre aspettato che il deserto le portasse un regalo e che alla fine lo abbia fatto, portando Santiago. Santiago le racconta dei suoi sogni, del vecchio re e dei presagi. Fatima vuole che Santiago vada a cercare il suo tesoro, anche se deve lasciarla. Sa che se sono destinati a stare insieme, tornerà per lei. È una donna del deserto, quindi sa tutto sull'attesa. Santiago trova l'inglese, che gli dice che sta finalmente imparando l'alchimia facendola invece di leggerla.
Mentre cammina nel deserto, Santiago vede un paio di falchi che volano nel cielo. Li guarda in trance e improvvisamente uno di loro attacca l'altro. Proprio in quel momento, Santiago ha la visione di un esercito che invade l'oasi. Santiago presagisce che farebbe meglio ad ascoltare le sue visioni.
Torna all'oasi per raccontare la visione al cammelliere e il suo amico lo incoraggia ad andare a dire ai capi tribali degli eserciti che stanno arrivando. Poiché è preoccupato per Fatima, Santiago decide di raccontare ciò che ha visto. Alla tenda dei capi, Santiago aspetta il suo turno per un udienza con i capi dell'oasi. Ore dopo, presenta la sua visione. I capi discutono in un dialetto che Santiago non capisce, ma alla fine l'anziano termina la discussione.
L'anziano dice che devono ascoltare i messaggi del deserto e che il giorno dopo tutti saranno armati e pronti a difendersi. Per ogni dieci nemici morti, daranno a Santiago un pezzo d'oro. Tuttavia, se non vi sarà alcun attacco, Santiago sarà colui che finirà per morire.
Sulla via del ritorno verso la sua tenda, uno sconosciuto si presenta su un cavallo bianco, con un falco sulla spalla e una spada in mano. Chiede a chi osa interpretare il volo dei falchi, e Santiago risponde che è lui. Perché? È quello che gli uccelli volevano dirgli.
Quindi lo sconosciuto gli chiede cosa sta facendo lì, e Santiago dice che sta seguendo la sua leggenda personale. Lo sconosciuto dice che stava testando il coraggio di Santiago, perché questa è la qualità più importante per comprendere la lingua del mondo. Se sarà ancora vivo domani sera, Santiago può visitarlo. Santiago capisce che quello era l'alchimista.
Il giorno successivo l'oasi è pronta per l'attacco ed è una buona cosa. La battaglia termina in mezz'ora e ogni invasore viene ucciso. Santiago è promosso consigliere dell'oasi. Si dirige a sud verso la tenda dell'alchimista e si siede per aspettare il suo nuovo amico. L'alchimista cavalca con due falchi morti e li mangiano. L'alchimista ha qualche consiglio: dormire bene, vendere il suo cammello e comprare un cavallo.
La notte successiva Santiago arriva nella tenda dell'alchimista con il suo cavallo e loro cavalcano nel deserto. L'alchimista gli dice di mostrargli la vita nel deserto. Santiago è nervoso, perché non sa ancora molto del deserto.
Lascia galoppare il cavallo fino a quando non si ferma, e l'alchimista scende e trova un buco nel terreno. Ci infila il braccio fino in fondo alla spalla, quindi estrae un cobra velenoso. L'alchimista disegna un cerchio nella sabbia e vi posiziona il serpente, che rimane lì.
Dice che la scoperta di Santiago nel deserto era il presagio di cui aveva bisogno. Lo guiderà alle piramidi. Ora Santiago dice che vuole rimanere nell'oasi a causa di Fatima, ma l'alchimista insiste sul fatto che lo aspetterà. Se rimane nell'oasi, perderà tutto, incluso il suo sogno.
L'alchimista libera il serpente cancellando il cerchio nella sabbia e tornano all'oasi, pianificando di partire prima dell'alba. Quella notte, Santiago saluta Fatima, promettendo di tornare.
L'alchimista e Santiago cavalcano nel deserto. Dopo una settimana l'alchimista si congratula con Santiago per essersi avvicinato così tanto alla fine del suo viaggio. Mostra a Santiago ciò che è scritto sulla tavoletta di smeraldo, ma Santiago non riesce a capirlo.
Continuano a cavalcare e l'alchimista dice a Santiago di ascoltare il suo cuore. Continuano a passare uomini delle tribù armati e il cuore di Santiago inizia a provare paura. L'alchimista gli dice che la paura della sofferenza è peggio della sofferenza stessa, quindi il suo cuore si calma. Lo ascolta tutto il tempo. L'alchimista gli dice che il suo cuore sta tornando all'Anima del Mondo.
L'alchimista impartisce a Santiago una delle lezioni più importanti: quando ci si avvicina alla realizzazione del sogno, l'Anima del Mondo ti invia le prove più difficili da superare. Il giorno seguente alcuni membri della tribù si presentano e perquisiscono l'alchimista e gli effetti personali di Santiago. Vedono la Pietra filosofale, che trasforma qualsiasi metallo in oro, e l'Elisir della vita, che cura qualsiasi malattia, ma pensano che l'alchimista stia scherzando quando dice loro cosa sono e li lasciano andare avanti.
Continuano a viaggiare, con Santiago che ascolta il suo cuore raccontargli tutte le volte che lo ha salvato dal pericolo senza che nemmeno se ne accorgesse. La coppia passa un altro accampamento. Alcuni uomini delle tribù li fermano, dicendo loro che non possono andare oltre a causa della guerra. L'alchimista usa il suo sguardo da aquila su di loro e i due possono proseguire.
Quando mancano solo due giorni alle piramidi, Santiago chiede all'alchimista di insegnargli come trasformare il piombo in oro. L'alchimista gli dice che si tratta di evoluzione e che l'oro è il metallo più evoluto. L'alchimista deve evolvere insieme al metallo, altrimenti non funzionerà.
Improvvisamente Santiago riceve un segnale di pericolo dal suo cuore, e presto sono circondati da un centinaio di uomini della tribù che li catturano e li portano in un campo. Sono accusati di essere spie e l'alchimista afferma di essere solo la guida di Santiago. Dice che Santiago è un alchimista che comprende le forze della natura e vuole mostrare i suoi poteri.
Quindi l'alchimista consegna anche tutte le monete d'oro di Santiago al capo. L'alchimista continua promettendo che Santiago può distruggere il campo con la forza del vento e che ha bisogno di tre giorni per trasformarsi in vento. Inoltre offre prontamente la vita di Santiago come penalità se non è in grado di fare il trucco.
Santiago è, ovviamente, terrorizzato, fino a quando l'alchimista si versa un pò di tè sui polsi e dice alcune parole magiche per calmarlo. Dice di conoscere tutto ciò di cui ha bisogno per trasformarsi in vento; l'unica cosa che potrebbe impedirgli di riuscire è la paura del fallimento. Dopo il primo giorno Santiago non ha ancora idea di come raggiungere il suo obiettivo, e il secondo giorno sale sulla cima di una scogliera per guardare il deserto. Il terzo giorno il capo e gli ufficiali vanno con l'alchimista a guardare il ragazzo che si trasformerà in vento.
Santiago chiede a tutti di sedersi e aspettare, poi inizia a chiacchierare con il deserto. Cerca di spiegare al deserto cos'è l'amore e dice che ha bisogno del deserto per trasformarlo in vento in modo che possa tornare al suo amore, Fatima.
Una brezza inizia a soffiare e Santiago chiede aiuto al vento. Santiago gli chiede di cancellare il sole con una tempesta di sabbia in modo che possa guardare il paradiso senza essere accecato.
Il vento lo obbliga, soffiando una terrificante tempesta nel campo. Un paio di comandanti chiedono al capo di interrompere l'esperimento, ma non lo farà.
Successivamente, Santiago chiacchiera con il sole, che dice di conoscere l'anima del mondo. Il sole inizia a splendere davvero luminoso e Santiago spiega al sole l'alchimia e l'evoluzione. Chiede al sole di aiutarlo a trasformarsi in vento, ma il sole non sa come. Gli dice di chiedere alla mano che ha scritto tutto, e lo fa, senza parlare.
Santiago prega, raggiungendo l'Anima del Mondo. Si rende conto che la sua anima è l'anima di Dio e che può fare miracoli. Una volta che la tempesta è morta, il campo è stato quasi distrutto e Santiago è stato trasportato lontano dal luogo in cui si trovava. Tutti sono naturalmente terrorizzati e lasciano andare l'alchimista e Santiago, affiancandogli alcune guardie armate per aiutarli sulla loro strada.
Dopo aver guidato per un giorno, la coppia incontra un monastero copto e lascia andare le guardie armate a casa. L'alchimista dice a Santiago che è da solo, e solo a tre ore dalle piramidi. Santiago ringrazia l'alchimista per avergli insegnato la lingua del mondo. Un monaco si avvicina al cancello e gli lascia usare la cucina. L'alchimista inizia a cucinare un po 'di oro usando piombo e parla delle novità sulla guerra con il monaco.
Dopo che l'oro è pronto, l'alchimista lo divide in quattro parti. Uno per il monaco, uno per Santiago, uno per se stesso, e il quarto per il monaco per tenerlo al sicuro in caso di necessità.
Tornano a cavallo e l'alchimista racconta a Santiago la storia di un romano che aveva due figli, un poeta e un ufficiale militare. Il padre sogna che una delle parole dei suoi figli sarebbe ripetuta in tutto il mondo per le generazioni a venire. Muore e quando arriva in paradiso viene esaudito un desiderio. Vorrebbe vedere le parole di suo figlio poeta ripetute in futuro. Si scopre, tuttavia, che non è il poeta le cui parole sono immortalate; è l'ufficiale militare. Fu uno dei primi seguaci di Gesù Cristo.
Santiago cavalca verso le piramidi e il suo cuore gli dice che dovunque sia portato in lacrime è il posto dove si trova il suo tesoro. Si arrampica su una duna e vede le piramidi. Si inginocchia e piange, pregando e ringraziando Dio per averlo condotto in questo viaggio. Comincia a scavare nella duna, ma non trova nulla. Trova delle pietre e alcune persone si avvicinano a lui, chiedendogli cosa sta facendo.
Sono rifugiati delle guerre tribali e hanno bisogno di soldi, e trovano il suo oro nella borsa. Pensano che debba avere più oro nascosto nel terreno e farlo scavare tutta la notte, anche se non trova nulla. Lo hanno picchiato e lui spiega, finalmente, che sta cercando il tesoro.
Il leader dice che deve aver rubato l'oro e decide di andarsene. Prima di andare, però, dice a Santiago di non essere così stupido, che lui stesso aveva sognato un tesoro proprio in quel punto. Il suo sogno gli disse di andare in una chiesa in rovina in Spagna e di scavare alle radici di un sicomoro. Dice che non è così stupido come Santiago, attraversando il deserto solo per un sogno. Santiago ride mentre se ne vanno, perché il ragazzo gli ha appena dato la chiave di dove si trova il suo tesoro.